督抚制度是明清两朝政治制度的重要组成部分，不过从性质和职权的角度而言，明清两朝的督抚制度又有所区别。清代的督抚是地方官属于封疆大吏，而明代的督抚却比较复杂，经历了一个漫长的演化过程。
巡抚制度的诞生以及职权
根据《明史·职官志》的记载：“巡抚之名，起于懿文太子巡抚陕西。永乐十九年，遣尚书蹇义等二十六人巡行天下，安抚军民。以后不拘尚书、侍郎、都御史、少卿等官，事毕复命，即或停遣。”
可见，明初时派遣巡抚的目的主要是为了加强中央集权，而临时派出京卿巡行天下，纠察风纪，安抚军民，或处理地方重大事件。
至成化年间，巡抚之制逐渐固定，由临时的差遣措施转为为带宪衔之常设地方封疆大吏，明朝的巡抚制度也正式形成。
巡抚的职责主要有以下几个方面组成：
1、清吏治，肃官邪
明代的巡抚被列入到都察院系统，可见巡抚的重要职权之一便是巡察地方，清理吏治。从明初到明末，巡抚都带宪衔，而且还在一定程度上起到了监督属官的职责，这也是巡抚的主要日常工作。
2、抚流民，惩盗贼
征剿叛乱或镇压各族人民起义，也是巡抚的重要职责之一。明代的很多巡抚都是因兵事而设立并被固定下来的。如四川、云南、贵州、广西都是少数民族较多的省份。
这些省份在不同时期皆发生过反叛朝廷的起义，朝廷派员予以镇压，并在平定叛乱后开始设立巡抚，此后这些地方的巡抚皆常设。
3、镇边关，理边政
明代的边疆多有事端，在边陲设立巡抚，就是为了镇守边关，整饬边政。在辽东、陕西、宁夏、宣府等边疆地区，从正统到成化年间，陆续设立巡抚以镇边关。
除了以上职责，明代的巡抚还有抚恤灾民，宣化德意，举荐贤才，进献耆老，陈地方利病等职责。
总督制度的诞生及其职权
明朝的总督，是在巡抚普遍推行的基础上产生的。之所以要设立总督，主要是基于两个方面的考虑：
1、军事方面
最初设立总督是出于军事方面的需要，明中叶以后，在内随着阶级矛盾和统治阶级内部矛盾的激化，不断出现农民起义或藩王作乱；在外则北部边境蒙古入侵，南部边陲则倭寇骚扰，少数民族叛乱。
这种内忧外患的情况下，由于制度上的各种原因，各省巡抚不能统筹全局，且互相牵制，各自自扫门前雪。这样的结果便是事权分散，地方政事混乱。
朝廷为了在军事上统一事权，便在巡抚的基础上设立了总督。如正统年间以兵部尚书王骥总督军务，景泰三年，苗乱爆发，两广始设总督。再如蓟辽总督的设置也是军事上的需要。
2、经济方面
漕运、河道、盐政是历代王朝的三大经济命脉，因这三大要务的实施皆地跨数省，需要集中几个省乃至全国的力量才能完成，因此设总督专门管理。
比如永乐时期就设总理河漕兼提督一人，并派遣尚书治河，自后遣侍郎、都御史。成化后，始称总督河道，万历五年改总理河漕兼提督军务。
明代的巡抚、总督虽然是主管民政、军政的地方大员，但其编制仍在朝廷，他们所用的印信和一般的地方官也不同，因此还不能说是封疆大吏。到了明末，农民起义席卷数省，加上辽东战事吃紧，朝廷又在总督的基础上设立督师、经略，总览军政。
需要说明的是，明代除了中央向地方派遣巡抚、总督外，还设立了巡按制度。巡按从职权方面上来讲，和巡抚有一定的重叠，但其性质又不一样，其区别主要有三个方面：
1、巡按是都察院的常职官员，属十三道监察御史之列。
巡按是有固定编制的：北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人，辖区比较固定。而巡抚不是都察院的常职官员，人员也没有定额，辖区不大规范，有的省不设巡抚，有的省则设数个巡抚，且常因事变动，比如浙江、福建等省巡抚，就常罢常置，或兼领。
2、巡按的级别较低，都为正七品，主管监察；巡抚的级别较高，正四品乃至正二品，节制三司其职责比较广泛。
总的来说，巡抚权大于巡按，但巡按又并非巡抚下属，两者互相独立，互相牵制，都直接对皇帝负责。巡抚和巡按同在一省，其职责也有明确分工。
如徭役、里甲、钱粮、驿传、城池、兵马、军饷等地方之事，均由巡抚处置；纠正奸弊、处决重辟，审录冤刑，参拔吏农，纪验功赏这是巡按专管，巡抚不得干预。但遇有重大地方政务，巡抚和巡按也有会同办理。
3、巡按的任用不仅要通过吏部还要获得都察院的同意，巡抚的任用则出自吏部。
巡按有固定的任期，满差考核称职，即可回都察院；而巡抚并无固定的任期。而且巡抚允许携带家眷赴任，而巡按属于出差，除了个别特许外，不得携带家属赴任。
通过以上的介绍，大致也就清楚了明代的巡抚、总督、巡按的基本制度，并对三者的关系有了一个简单的认识。总体来看，明代的督抚制度相比于清代而言分工更加明确，但其制度显然也不够完善。
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