琼脂糖凝胶电泳可用于PCR产物、血清蛋白质成分、同工酶、免疫复合物等物质的分离、鉴定和纯化。
原理：琼脂是一种多糖，经处理去除其中的果胶，即为琼脂糖。琼脂糖链受氢键及其他力的作用而互相盘绕形成绳状琼脂糖束，构成大网孔型凝胶。琼脂糖中硫酸根离子较少，电渗影响弱，分离效果好。
琼脂糖凝胶电泳分离核酸：在一定浓度的琼脂糖凝胶介质中，DNA分子的电泳迁移率与其分子量的常用对数成反比。分子构型也对迁移率有影响，共价闭环DNA迁移率最快；直线DNA次之；开环双链DNA最慢。
试剂配制：核酸分离常用缓冲液有TBE（Tris-硼酸-缓冲液）和TAE（Tris-乙酸-缓冲液）两种，使用时分别稀释成1×TBE工作液或1×TAE工作液。
凝胶制备：用上述缓冲液配制0.5%～2.0%琼脂糖凝胶溶液，沸水浴或微波炉加热使琼脂糖粉末融化，冷却至55℃时加入荧光染料至终浓度为0.5μg/ml，然后将其注入制胶模中。
样品制备与加样：样品与上样缓冲液混匀后加入齿孔中央，每齿孔可加样5～10μl，最后加入DNA marker以粗略估算DNA片段长度。
电泳：一般电压为5～15V/cm，分离大分子可用电压5V/cm，电泳过程建议在低温条件下进行。
常见问题分析与处理
条带模糊和条带缺失是琼脂糖电泳常见问题，可能原因如下：
（1）样品中含盐量过高以及含大量杂质蛋白均会导致条带模糊与缺失。
（2）DNA上样量过大导致条带模糊。
（3）电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，pH上升，缓冲能力下降，可能使DNA电泳产生条带模糊和不规则的DNA带迁移现象。
（4）电泳时电压不宜过大，如电压过大会导致电泳温度应过高，小片段DNA泳出胶外。
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